Этот пост не обновлялся уже более года. Информация, описанная ниже, могла потерять актуальность, но всё ещё может быть полезна.
Ситуация: в IDE была установлена тема Material Theme. После первого взгляда стало понятно, что с ней будет трудно жить, поэтому тема была удалена.
Проблема: цвета файлов на панели Project остались некорректными (теми, что были установлены при настройке темы).
Решение: перейди в раздел настроек
File > Settings… > Version Control > File status colors
Выделенные там астериском пункты — переопределённые. У каждого из них следует нажать ‘Restore default’:
Источник: github.com/ChrisRM/material-theme-jetbrains#file-colors-stuck-after-uninstallation